RSIslam Surabaya berada di bawah naungan Yayasan Rumah Sakit Islam Surabaya (YARSIS) dengan pendirinya antara lain : KH. Zaki Goefron, KH. Abdul Mujib Ridwan, KH. Anas Thohir, KH. Husaini Tiway, Nyai Hj. Umi Kulsum Yasin, Nyai Hj. Maryam Thoha, Nyai Hj. Murthosiyah dan tokoh – tokoh NU yang lain. RS Islam Surabaya mulai beroperasi sejak tanggal 25 Maret 1975 yang bertepatan dengan tanggal 12 Rabiul Awal 1395 H. (Peringatan Maulid Nabi Muhammad SAW.) dengan kapasitas 40 tempat tidur dan kelas rumah sakit termasuk tipe Madya (setara tipe C).

Dari  awal  berdirinya  rumah sakit  ini telah mengalami  pergantian  kepemimpinan sebanyak 8 ( delapan ) kali yaitu :

1. dr. H. Muhammad Thohir, Sp.KJ. (1975 -1986)
2. dr. H. Abdul Mukty, Sp.P. (1986 – 1991)
3. dr. H. Muhammad Thohir, Sp.KJ (1991 – 1997)
4. dr. H.A. Toha Masjkur (1997 – 2004)
5. dr. H. Muhammad Thohir, Sp.KJ (2004 – 2005)
6. dr.H.R. Heru Ariyadi, MPH. (2006 – 2007 ).
7. dr.H. Hadi Purwanto, MMR. ( 2007 s/d. 2012 ).
8. dr.H. Samsul Arifin MARS (2012 – 2020)
9. dr. Dodo Anondo, MPH (2020 – sekarang)

Adapun susunan pejabat Direksi saat ini adalah sbb. :

1. Direktur : dr. Dodo Anondo, MPH
2. Wakil Direktur Bidang Medis : drg. Hj. Laily Rachmawati, Sp.Perio
3. Wakil Direktur Bidang Umum & Keuangan : H. Djunarjo, S.IP, MM.

Kalau dipandang dari sisi geografis, RSIslamSurabaya  berada  di  lokasi  yang  strategis, tepatnya  di Jl. Jend. A. Yani 2 – 4 Surabaya, dekat pintu gerbang kota Surabaya sebelah Selatan sehingga mudah dijangkau dengan alat transportasi apapun di kota Surabaya.

Dengan didukung oleh 9 orang jajaran Kepala Bagian, dan 1 orang kepala satuan pemeriksaan internal.

Bagan Bagan Struktur Organisasi sebagai berikutsesuai SK dari Yayasan RS Islam Surabaya Nomor :0481A SK/YARSIS/XI/2015.

Sejak beroperasi pada tahun 1975, dengan rahmat Allah SWT. RS Islam Surabaya banyak mengalami perkembangan dan penambahan sarana dan prasarana, antara lain:

1. Tgl. 1 Desember 1978 diresmikannya Paviliun Anak ”Siti Fatimah” oleh Bp. H. Soenandar Prijosoedarmo (Gubernur Jawa Timur), yang terletak di Lt. II (di atas Poli Rawat Jalan).
2. Bulan Juli 1978 dibuka Sekolah Perawat Kesehatan (SPK) RS Islam Surabaya.
3. Bulan Agustus 1985 dibuka Akademi Perawatan (Akper) RS Islam Surabaya.
4. Tgl. 13 Agustus 1988 diresmikan gedung perawatan Ruang E dan Ruang F dengan kapasitas 28 TT.
5. Tahun 1997 diresmikan gedung Laboratorium, Radiologi dengan dilengkapi X-Ray Siemens type Sirescop CX dan perluasan Paviliun Anak (Lt. II).
6. Pada tanggal 13 Agustus 1988 diresmikan gedung E dan F dengan luas bangunan 629 m² dengan kapasitas 28 tempat tidur oleh Bapak Wahono selaku Gubernur KDH Tk. I Jawa Timur senilai Rp. 272.525.350,- (dua ratus tujuh puluh dua juta lima ratus dua puluh lima ribu tiga ratus lima puluh rupiah), terdiri dari :
   1. Ruang E ( Lantai I )      : 307,50 m²
   2. Ruang F ( Lantai II ) : 321,50 m²
7. Pada tahun 1997 diresmikan gedung Laboratorium, Radiologi dengan dilengkapi X-Ray Siemens, type Sirercop CX dan perluasan Paviliun Anak (Lantai 2).
8. Pada tahun 1998 telah LulusAkreditasi Rumah Sakit untuk 5 (lima) Pelayanan, yaitu Administrasi, Perawatan, UGD, Rekam Medis dan Pelayanan Medis sesuai dengan Keputusan Menkes RI Nomor : YM.00.03.3.5.10417. tanggal 7 Desember 1998.
9. Tanggal 3 Maret 2010 peresmian R. Shofa yang telah selesai direnovasi.
10. Bulan April 2010 telah selesai pembangunan IPAL.
11. Tanggal 1 Nopember 2010 telah selesai pelaksanaan renovasi penambahan kamar mandi di dalam kamar perawatan di R. Marwah.
12. Tanggal 15 Juli 2010 telah dibuka ”Klinik Deteksi & Tumbuh Kembang Anak” yang dibimbing oleh tenaga medis senior & profesional serta psikolog.
13. Tanggal 21 September 2010 peresmian R. Multazam yang telah selesai direnovasi.
14. Bulan Februari 2011 telah dikerjakan paket pekerjaan Drainase & Pematusan untuk menanggulangi banjir.
15. Tanggal 11 Februari 2011 peresmian Ruang Rawat Intensif (RRI) yang telah selesai direnovasi.
16. Tanggal 1 Juli 2011 telah selesai pembangunan Renovasi tangga R. Hijr Ismail dan Farmasi.
17. Bulan Juli 2011 telah ditambahnya daya listrik dari 135.500 KVA menjadi 197.000 KVA.
18. Tanggal 4 Juli 2011 peninggian lantai koridor Rawat Jalan.
19. Pada tahun 2012 telah Lulus Akreditasi Rumah Sakit untuk 5 (lima) Pelayanan, yaitu Administrasi, Perawatan, UGD, Rekam Medis dan Pelayanan Medis sesuai dengan Sertifikat Akreditasi Rumah Sakit dari Komisi Akreditasi Rumah Sakit (KARS) Nomor : KARS-SERT/356/I/2012 tanggal 25 Januari 2012.
20. Tanggal 21 Februari 2014, RS Islam Surabaya mendapat sertifikat penetapan kelas rumah sakit tipe C dari Kementerian Kesehatan RI.
21. Tanggal 29 Februari 2012 telah selesai pelaksanaan renovasi dan pembuatan mandi di Ruang Marwah.
22. Bulan September 2012 dimulai pembangunan Renovasi Gedung Kamar Operasi menjadi 2 lantai dan dibuka tanggal 24 Mei 2014
23. Tahun 2014 telah ditambahnya daya listrik sebesar 105 KVA untuk gedung OK, sedangkan gedung utama tetap 197.000 KVA.
24. Tanggal 06 Maret 2015 dibuka Pelayanan Hemodialisa RS Islam Surabaya.
25. Pada tanggal 30 September 2015 telah divisitasi oleh dinas kesehatan propinsi jawa timur (DKP, dinas kesehatan kota surabaya (DKK) dan Persi Jawa timur dan diberikan izin operasional Rumah Sakit nomor : 503.445/023/P/IO.RS/ 436.6.3/X/2015
26. Tahun 2016 telah ditambahnya daya listrik untuk CT-Scan dengan kapasitas listrik 394.000 KVA
27. Pada tahun 2016 telah Lulus Akreditasi paripurna sesuai dengan Sertifikat Akreditasi Rumah Sakit dari Komisi Akreditasi Rumah Sakit (KARS) Nomor : KARS-SERT/471/XII/2016 berlaku sampai tanggal29 November 2019.
28. Pembangunan Gedung Grha RS Islam Surabaya 5 lantai telah selesai dan dilaksanakan soft opening serta operasional layanan tanggal 25 Maret 2018 dengan 173 TT.